Maltos istorija prasideda 5200 m. pr. m. e., kai ją apgyvendino atvykėliai iš Sicilijos.
Vėliau pasirodė Finikiečiai, vadinę Maltą Maleth (Saugus prieglobstis ) kolonizavo salas apie 1000 m. pr. m. e. ir iš čia tyrinėjo jūros kelius ir prekiavo. Jie gyveno Mdinos miesto ir jo priemiesčio Rabato vietoje. VIII a. pr. m. e. pabaigoje graikai įkūrė Miletės koloniją pagrindinėje saloje, ir graikai, vadinę salą Μελίτη (Melite), o tai reiškia „saldi kaip medus“ pagal vietinę Maltos bičių rūšį.
1000 m. pr. m . e. Finikiečiai pradeda Maltos kolonizavimą.
800 – 480 m. pr. m . e. Finikiečių kolinija įsikūrimas.
218 m. pr. m . e. Malta tampa Romos Respublikos dalimi.
60 m. Šventasis Apaštalas Paulius patiria laivo sudužimą. Krikščionybės pradžia Maltoje. Apaštalas Paulius tapo garsiu Evangelijos skelbėju Palestinoje, Graikijoje, Mažojoje Azijoje, Italijoje ir kituose antikinio pasaulio regionuose. Po trečiosios misijų kelionės buvo areštuotas Judėjos valdytojo Antonijaus Felikso ir kalinamas Jeruzalėje, vėliau Cezarėjoje. Bylą perėmus naująjam valdytojui Porcijui Festui Paulius pasinaudojo Romos piliečio teise stoti prieš imperatoriaus teismą kur ir buvo išsiųstas į Romą. Pakeliui kilo audra ir sudužus blaškomam laivui pavyko išsigelbėti kaip rašoma Naujajame Testamente Apaštalų darbuose saloje pavadinimu Melita.
870 – 1090 m. Arabų valdymo laikotarpis. Tuo periodu Malta buvo stipria įtakota Arabų civilizacijos. Maltiečių kalba didžia dalimi ( 80 % ) sudaryta iš Arabų kalbos.
1194 – 1530 m. Sicilijos karalystė. Malta buvo Sicilijos priedas 440 metų. Per tą laika ji buvo parduota ir pirkta daugybę kartų. Ją valdė Švabijos, Anžu, Aragono, Kastilijos ir Ispanijos valdovai.
1412 m. Malta perduota Kastilijos Karaliui ( Ispanija ).
1530 m. Ispanijos Karalius atiduoda Malta Švento Jono Riterių globai. Švento Jono ordinas buvo įkurtas saugoti tarpinius punktus pakeliui į Šventąją Žemę ir padėti piligrimams, keliaujantiems į abi puses. Viena iš jų pareigų buvo suteikti medicininę pagalba, tad ir dabar aštuonkampis kryžius naudojamas ambulatorijose ir pirmos pagalbos organizacijose. Mainais už išsaugotas gyvybes, jie gaudavo naujų teritorijų, kurias turėjo ginti. Be to jie turėjo ginti piligrimus, tad sustiprėjo ordino karinis sparnas. Laikui bėgant ordinas tapo stiprus ir turtingas.
1562 m. Maltoje įsteigtas Inkvizicinis teismas skirtas susidoroti su „eretikais“ ( tais kurie nesutikdavo su Katalikų Bažnyčios mokymu ) kuris gyvavo net iki pat 1798 m.
1565 m. Didžioji Maltos apgultis ( The Great Siege of Malta ). Otomanų imperijos puolimas. Su didžiulėmis pajėgomis 81 laivu ir daugiau nei 30000 kareivių įgula Turkų kariauna gegužės 18 d. pasiekė Maltos krantus. Tai buvo didžiausias visų laikų mūšis Maltos istorijoje. Didžiosios apgulties metu didysis Švento Jono Riterių Magistras buvo Jean Parisot de la Vallette( 1494 – 1568 ), tuo metu jam buvo 70 metų. Maltos karinės pajėgos buvo tik 9000 karių iš kurių 400 Šv. Jono Riteriai. Pirmiausia Turkai užėmė St. Elmo tvirtovę esančia Shiberas pusiasalyje ( dabartinėje Valetoje pačiame iškyšulio gale ) tam prireikė paaukoti 8000 kareivių įskaitant ir jų vadą Dragut Rais kas buvo beveik ketvirtadallis visos Turkų kariaunos. Turkai nukirsdino 4 Riteriams galvas ir nukryžiavę paleido jūra link St. Angelo tvirtovės, kaip atsaka Magistras La Vallette nukirsdino Turkų belaisvius ir paleido jų galvas iš patrankų. Toliau turkai bandė užimti Birgu (Vittoriosa) and L’Isla (Senglea), bet jiems nepavyko ir patyrė daug netekčių, didysis magistras sugalvojo gudrybę ir tariamai prie belaisvio paleido žinią, kad jiems padėti atplaukia 8000 karių iš Sicilijos, vėliau leido belaisviu pabėgti, kad tas galėtų grįžęs perduoti žinią savo vadams, matydami kad Maltos kariai didvyriškai laikosi ir dar gavę žinią jog atplaukia pastiprinimas iš Sicilijos pasitraukia ir mūšį pralaimi.
1798 m. Prancūzų užkariavimas. Napoleonas Bonapartas ir jo laivynas sustojo pakeliui į Egiptą. Napoleonas pareikalavo saugaus uosto ir papildyti atsargas, kai Maltos riteriai atsisakė duoti vandens, prancūzų divizija įsiveržė į Valetą. Didysis Maltos magistras Hompešas pasidavė ir Napoleonas pasiliko kelias dienas saloje, per kurias jis sistemingai plėšė kilnojamą Ordino turtą ir įsteigė jam ištikimą administraciją. Tai truko neilgai, nes po kelių mėnesių jie pradėjo uždarinėti vienuolynus ir konfiskuoti bažnyčios turtus. Maltiečiai sukilo, po kelių mėginimų užimti Valetą jie paprašė britų pagalbos. Kontradmirolas seras Horacijus Nelsonas nusprendė imtis visuotinės blokados ir 1800 m. prancūzai pasidavė.
1800 m. Britų atėjimas.
1802 m. Amenso sutartis numatė, jog Maltą vėl valdys Švento Jono riteriai, tačiau taip neįvyko. Jie paprašė britų pasilikti, bet negavo trokštamos savivaldos ir tapo kolonija.
1964 m. rugsėjo 21 d. Malta tapo nepriklausoma valstybe.
1974 m. gruodžio 13 d. pasiskelbė respublika.
2004 m. gegužės 1 d. Malta tapo ES nare. Po to buvo pasirašytas sutarimas ir Darbo partija paskelbė, kad pripažins narystę ES.
2008 m. sausio 1 d. Malta prisijungė prie eurozonos.
